Дело в том, что нельзя "смешивать несмешиваемое".
Т.е. если мод делается под Source 2007 (тем более с dll), то и редактор должен быть версии "2007". Проблема будет лишь с доступом к ресурсам (придётся либо распаковывать gcf, либо наполнять своим контентом), но, вроде как, "2007 моды" уже давно делаются для пустого "SDK Base 2007", а не для "оф. игр", с которыми будут проблемы с dll и т.д...
Собственно, само собой разумеется, что будут проблемы, если использовать новый редактор для старого движка.